آن حضرت ۱۳ سال اول امامت خود را در آن شهر سپری نمود و ضمن بهره رسانی معنوی و علمی به شیعیان، به امور آّنان رسیدگی می کرد تا این که متوکل (خلیفه ی وقت) که در دشمنی با ائمه اطهار علیه السلام مشهور بود؛ به خاطر هراسی که از نفوذ و محبوبیت امام علیه السلام در جامعه داشت ایشان را از مدینه به سامرا فراخواند زیرا احساس می کرد که باید امام را از نزدیک تحت نظر بگیرد.
امام هادی علیه السلام با این که شدیدا تحت نظر بود، اما از پای ننشست و فعالیت های خود را به شیوه ای مطابق اوضاع زمان خویش به پیش برد.
از مهمترین فعالیت های آن امام همام این بود که به مردم از راه های گوناگون آگاهی داده و منصب امامت و مقام علمی خود را در طی سخنان خویش و در مناظرات و پرسش و پاسخ های علمی، آشکار کرده و تثبیت کند.
همچنین عدم مشروعیت حکومت بنی عباس را تبیین می کرد. یکی دیگر از محورهای فعالیت امام، آماده کردن مردم و شیعیان نسبت به غیبت حضرت مهدی علیه السلام بود.
*در محضر امام هادی امام هادي عليه السلام :
مَن أطاعَ اللَّهَ يُطاعُ
هر كس از خدا فرمان ببرد ،از او فرمان برند/تحف العقول ، ص ۴۸۲ .
*عاقبت عاقّ والدين
العُقوقُ يُعقِبُ القِلَّةَ و يُؤدِّي إلَي الذِّلَّةِ
عاقّ [والدين] ، ناداري در پيدارد و به خواري ميكشاند/بحار الأنوار ، ج ۷۴ ، ص ۸۴ .
*عواقب خشم
الغَضَبُ عَلي مَن لاتَملِكُ عَجزٌ و عَلي مَن تَملِكُ لَومٌ
خشم بر كسي كه اختيارش به دست تو نيست ، نشانه ناتواني و بر آنكه اختيارش به دست تو است ، مايه سرزنش است /مستدرك الوسائل ، ج ۱۲ ، ص ۱۱ .
*هرچه بکاری همان را برداشت کنی
مَن يَزرَع خَيراً يَحصُد غِبطَةً و مَن يَزرَع شَرّاً يَحصُد نَدامَةً
هر كه بذر خوبي بكارد ، شادماني بدرود و هر كه تخم بدي بيفشاند ، پشيماني ميدرود/بحار الأنوار ، ج ۷۸ ، ص ۳۷۳ .
از خود راضی نباشیم
مَن رَضِيَ عَن نَفسِهِ كَثُرَ السّاخِطونَ عَلَيهِ
آن كه از خودش راضي شود ، ناراضيان از او فراوان شوند
بحار الأنوار ، ج ۷۲ ، ص ۳۱۶ .