آن حضرت ۱۳ سال اول امامت خود را در آن شهر سپری نمود و ضمن بهره رسانی معنوی و علمی به شیعیان، به امور آّنان رسیدگی می کرد تا این که متوکل (خلیفه ی وقت) که در دشمنی با ائمه اطهار علیه السلام مشهور بود؛ به خاطر هراسی که از نفوذ و محبوبیت امام علیه السلام در جامعه داشت ایشان را از مدینه به سامرا فراخواند زیرا احساس می کرد که باید امام را از نزدیک تحت نظر بگیرد.
امام هادی علیه السلام با این که شدیدا تحت نظر بود، اما از پای ننشست و فعالیت های خود را به شیوه ای مطابق اوضاع زمان خویش به پیش برد.
از مهمترین فعالیت های ایشان این بود که به مردم از راه های گوناگون آگاهی داده و منصب امامت و مقام علمی خود را در طی سخنان خویش و در مناظرات و پرسش و پاسخ های علمی، آشکار کرده و تثبیت کند.
همچنین عدم مشروعیت حکومت بنی عباس را تبیین می کرد. یکی دیگر از محورهای فعالیت امام، آماده کردن مردم و شیعیان نسبت به غیبت حضرت مهدی علیه السلام بود.
آن حضرت در شهر سامرا به شهادت رسید. در مورد شهادت امام هادی علیه السلام و قاتل آن حضرت اختلاف است: برخی معتمد عباسی را قاتل آن حضرت می دانند (یعنی این واقعه در زمان خلافت معتمد رخ داده است) و به عقیده ی برخی دیگر معتز عباسی، فرمان قتل آن بزرگوار را صادر و معتمد آن را اجرا کرد. (یعنی این واقعه در زمان خلافت معتز روی داده است.)
پس از شهادت، امام حسن عسکری علیه السلام بر پیکر مطهر پدر خویش نماز گزارد و پس از تشییع جنازه، ایشان را در منزل خویش به خاک سپردند.
*شهادت امام هادي عليه السلام
عَبيد اللَّهِ بن يَحيي الخاقان :
لَو رَأيتَ أباهُ رَأيتَ رَجُلاً جَزلاً نَبيلاً فاضِلاً
اگر پدر امام عسكري عليه السلام (امام هادي عليه السلام) را ميديدي ، او را بسيار كريم و بخشنده ، با نجابت و صاحب فضل مييافتي/ الإرشاد ، ص ۳۳۹ .
*در محضر امام هادی امام هادي عليه السلام :
مَن أطاعَ اللَّهَ يُطاعُ
هر كس از خدا فرمان ببرد ،از او فرمان برند/تحف العقول ، ص ۴۸۲ .
*عاقبت عاقّ والدين
العُقوقُ يُعقِبُ القِلَّةَ و يُؤدِّي إلَي الذِّلَّةِ
عاقّ [والدين] ، ناداري در پيدارد و به خواري ميكشاند/بحار الأنوار ، ج ۷۴ ، ص ۸۴ .
*عواقب خشم
الغَضَبُ عَلي مَن لاتَملِكُ عَجزٌ و عَلي مَن تَملِكُ لَومٌ
خشم بر كسي كه اختيارش به دست تو نيست ، نشانه ناتواني و بر آنكه اختيارش به دست تو است ، مايه سرزنش است /مستدرك الوسائل ، ج ۱۲ ، ص ۱۱ .
*هرچه بکاری همان را برداشت کنی
مَن يَزرَع خَيراً يَحصُد غِبطَةً و مَن يَزرَع شَرّاً يَحصُد نَدامَةً
هر كه بذر خوبي بكارد ، شادماني بدرود و هر كه تخم بدي بيفشاند ، پشيماني ميدرود/بحار الأنوار ، ج ۷۸ ، ص ۳۷۳ .
از خود راضی نباشیم
مَن رَضِيَ عَن نَفسِهِ كَثُرَ السّاخِطونَ عَلَيهِ
آن كه از خودش راضي شود ، ناراضيان از او فراوان شوند
بحار الأنوار ، ج ۷۲ ، ص ۳۱۶ .